La commission de déontologie a pour rôle de contrôler le départ des agents publics qui envisagent d'exercer une activité dans le secteur privé. La commission examine si les activités privées qu'ils envisagent d'exercer ne sont pas incompatibles avec leurs précédentes fonctions exercées dans le public. L'avis rendu par la commission de déontologie ne lie pas l'administration dont relève l'agent, sauf s'il s'agit d'un avis d'incompatibilité. Le silence de l'administration gardé pendant un mois à compter de la date de l'avis vaut décision conforme à cet avis. Depuis la réforme engagée par la loi n° 2007-148 du 2 février 2007 de modernisation de la fonction publique, il existe aujourd'hui une seule commission de déontologie, au lieu de trois commissions auparavant, pour l'ensemble de la fonction publique.