Le Comité médical supérieur (C.M.S.) a été institué auprès du ministre chargé de la santé par le décret n° 86-442 du 14 mars 1986. Il constitue une instance de recours des fonctionnaires et agents contractuels des trois fonctions publiques pour l'ensemble de la métropole et des départements et territoires d'outre-mer concernant les avis rendus en premier ressort par les comités médicaux départementaux. Il a une compétence particulière en matière de congés de longue maladie et de longue durée. Il est obligatoirement consulté lorsque le comité médical compétent estime qu'il y a lieu d'accorder un congé de longue maladie hors liste (article 3). L'administration saisit le comité médical supérieur et, dans le même temps, demande au comité départemental de transmettre à cette même instance le dossier médical de l'intéressé.