En l’absence de décision du Conseil d’Etat à propos de l’exclusion temporaire de fonctions, la jurisprudence des cours administratives d’appel n’est pas unanime. Il convient de noter que le Conseil d’Etat ne s’est prononcé par l’affirmative que pour la sanction de révocation d’un fonctionnaire ( Conseil d'État, 6ème - 1ère chambres réunies, 06/07/2016, 392728 : « Considérant, par ailleurs, que si Mme A...soutient que la décision de sanction serait illégale en tant qu'elle ne prévoit pas le report de sa date d'effet à l'expiration de son congé maladie, la circonstance qu'un agent soit placé en congé pour maladie ne fait pas obstacle à l'exercice de l'action disciplinaire à son égard ni, le cas échéant, à l'entrée en vigueur d'une décision de révocation ; que, dès lors, ce moyen ne peut qu'être écarté. »
S’agissant d’une exclusion temporaire de fonction, la jurisprudence des cours administratives d’appel n’est pas unanime :
OUI : la procédure disciplinaire et la procédure de mise en congé de maladie d'un fonctionnaire sont distinctes et indépendantes, de sorte que l'inaptitude temporaire et médicalement constatée d'un fonctionnaire à l'exercice de ses fonctions ne fait pas obstacle à l'exercice de l'action disciplinaire. Cependant, la sanction disciplinaire dont il fait l'objet ne peut avoir de conséquences sur sa situation de bénéficiaire d'un congé de maladie aussi longtemps que la condition d'inaptitude physique est remplie et ne peut dès lors être légalement exécutée que postérieurement à l'expiration du congé de maladie dont l'agent bénéficie.
Voir en ce sens : Cour Administrative d'Appel de Nantes, 4ème chambre, 17/02/2015, 13NT02861, Inédit au recueil Lebon, Cour Administrative d'Appel de Marseille, 9ème chambre - formation à 3, 24/06/2016, 15MA02818, Inédit au recueil Lebon et CAA de MARSEILLE, 2ème chambre, 15/10/2020, 19MA04416, Inédit au recueil Lebon.
NON : la procédure disciplinaire et la procédure de mise en congé de maladie d'un fonctionnaire sont distinctes et indépendantes. La circonstance qu'un agent soit placé en congé pour maladie ne fait, dès lors, pas obstacle à l'exercice de l'action disciplinaire à son égard ni, le cas échéant, à l'entrée en vigueur, durant ce congé, d'une sanction, en particulier d'une décision d'exclusion temporaire de fonctions. D'autre part, les dispositions de l'article 41 de la loi du 9 janvier 1986 portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique hospitalière selon lesquelles le fonctionnaire conserve, selon la durée du congé, l'intégralité ou la moitié de son traitement, ont pour seul objet de compenser la perte de rémunération due à la maladie en apportant une dérogation au principe posé par l'article 20 de la loi du 13 juillet 1983 subordonnant le droit au traitement au service fait et ne peuvent avoir pour effet d'accorder à un fonctionnaire bénéficiant d'un congé de maladie des droits à rémunération supérieurs à ceux qu'il aurait eus s'il n'en avait pas bénéficié. Il s'ensuit que la circonstance que la sanction en litige, consistant en une exclusion temporaire de fonctions, ne prévoit pas le report de sa date d'effet à l'expiration du congé de maladie de Mme B... n'entache pas d'illégalité cette sanction.
Voir en ce sens : CAA de NANTES, 3ème chambre, 17/12/2021, 20NT03106, Inédit au recueil Lebon, CAA de VERSAILLES, 6ème chambre, 31/10/2019, 16VE02797, Inédit au recueil Lebon, CAA de VERSAILLES, 6ème chambre, 05/06/2020, 18VE03613, Inédit au recueil Lebon et. CAA de DOUAI, 3ème chambre, 25/11/2021, 20DA01958.