Le fonctionnaire ou l'agent public en congé de maladie peut subir un contrôle médical par un médecin agréé par l'administration ayant pour objectif de vérifier s' il est bien dans l'incapacité physique d'exercer ses fonctions et un contrôle administratif organisé par son chef de service ayant pour but de vérifier s'il est bien présent à son domicile hors les heures de sorties autorisées par le médecin qui a délivré l'arrêt de travail.(En général les deux contrôles sont fait simultanément par le médecin agrée).
La réponse ministérielle numéro 21527 du 06/10/2003 précise les conditions de ces contrôles qui peuvent être exclusifs l'un de l'autre en rappelant les limites fixées par le Conseil d'Etat.
Le contrôle administratif doit être fait dans « les limites des mesures nécessaires au bon fonctionnement des services » Voir (CE, 19 janvier 2000, fédération justice CFDT n° 175161).
LE TEXTE DE LA REPONSE: "L'article 25 du décret n° 86-442 du 14 mars 1986 relatif à la désignation des médecins agréés, à l'organisation des comités médicaux et des commissions de réforme, aux conditions d'aptitude physique pour l'admission aux emplois publics et au régime de congés de maladie des fonctionnaires prévoit que « pour obtenir un congé de maladie, ainsi que le renouvellement du congé initialement accordé, le fonctionnaire doit adresser à l'administration dont il relève, par l'intermédiaire de son chef de service, une demande appuyée du certificat d'un médecin, d'un chirurgien-dentiste ou d'une sage-femme. L'administration peut faire procéder à tout moment à la contre-visite du demandeur par un médecin agréé ; le fonctionnaire doit se soumettre, sous peine d'interruption du versement de sa rémunération, à cette contre-visite ». Ce contrôle a pour but de vérifier si l'intéressé est bien dans l'incapacité physique d'exercer ses fonctions. La circulaire FP/4 n° 1711 du 30 janvier 1989 relative à la protection sociale des fonctionnaires et stagiaires de l'État contre les risques maladie et accidents de service, dans sa première partie, I-1.4, développe les éléments de cette procédure. En revanche, aucune disposition législative ou réglementaire ne prévoit expressément un contrôle administratif des fonctionnaires de l'État en congé de maladie « ordinaire » afin de vérifier leur présence à leur domicile. Cependant, les chefs de service administratif sont compétents pour prendre toute mesure nécessaire au bon fonctionnement du service placé sous leur autorité. Dès lors, dans le domaine particulier du contrôle des congés de maladie des agents, le chef de service peut organiser un contrôle administratif, même en dehors de tout texte législatif ou réglementaire spécifique. En effet, le Conseil d'État a indiqué que « les mesures de contrôle administratif à leur domicile des personnels en congé de maladie ne revêtent pas un caractère statutaire et entrent dans le champ des mesures d'organisation » que le chef de service « a qualité pour prendre » et que celles-ci ne doivent pas excéder « les limites des mesures nécessaires au bon fonctionnement des services » (CE, 19 janvier 2000, fédération justice CFDT n° 175161). Le Conseil d'État a ainsi jugé illégales les dispositions d'une note de service prévoyant la possibilité pour les agents chargés du contrôle à leur domicile des agents en congé de maladie de relever l'identité du tiers se trouvant au domicile du malade en l'absence de celui-ci et de l'inviter à signer une déclaration. Pour finir et compte tenu de l'encadrement jurisprudentiel rappelé ci-dessus, il n'est pas envisagé d'adopter un dispositif réglementaire particulier pour assurer un contrôle administratif alors même que le contrôle médical n'est pas utilisé aussi souvent qu'il pourrait l'être."

Question N° 21527 à Monsieur le Ministre de la fonction publique, de la réforme de l'Etat et de l'aménagement du territoire -J.O.A.N. du 06/10/2003 page : 7671