En ce qui concerne les fonctionnaires ou agents de l'Etat et des collectivités publiques, le critère de la compétence des organismes du contentieux de la sécurité sociale est lié non à la qualité des personnes en cause, mais à la nature même du différend. Un arrêt du Tribunal des conflits du 2 mars 2009, donne compétence au tribunal des affaires de sécurité sociale (TASS) pour connaître du litige opposant l'Etat à un agent contractuel, relatif à la contestation du titre exécutoire  émis pour obtenir  le remboursement des indemnités journalières de sécurité sociale (IJSS) perçues directement de l'assurance maladie alors qu'il avait aussi reçu son plein traitement maladie de son employeur.

La règle du trentième indivisible, qui consiste à décompter sur la paye de l'agent public au minimum une journée, quelle que soit la durée de l'absence non justifiée ou du retard, est applicable uniquement aux fonctionnaires de l'Etat, mais en aucun cas aux fonctionnaires territoriaux et aux fonctionnaires hospitaliers. Le principe de l'exacte proportionnalité entre la durée de l'absence et le montant de la retenue pratiquée sur le traitement et ses accessoires leur est ainsi applicable quel que soit le motif de l'absence de service fait et pas seulement en cas de grève.

Dans un arrêt du 23 mars 2009, le Conseil d'Etat, annulant l'arrêt de la Cour Administrative d'Appel de Paris, 4ème chambre, 20/11/2007, n° 06PA03376, considère que les ministres signataires de l'arrêté du 24 mars 1967 tenaient de leur pouvoir général d'organisation de leurs services la compétence pour instaurer, dans le cadre des lois et règlements alors en vigueur, une prime de service en faveur des agents contractuels placés sous leur seule autorité dans ces services. Mais ils n'étaient pas compétents pour instaurer une telle prime pour des agents contractuels servant dans des établissements publics hospitaliers.

Les agents des services hospitaliers à titre contractuel peuvent-il percevoir la prime de service ? Dans un arrêt du 20/11/ 2007, la Cour administrative d'appel de Paris a considéré que les agents des services hospitaliers recrutés à titre contractuel peuvent prétendre au bénéfice de la prime de service qu'elles instituent. La circonstance, invoquée par le centre hospitalier que l'attribution de cette prime n'est pas de droit et qu'elle est réservée aux agents ayant obtenu une notation supérieure à 12,5 pour un service annuel complet n'était pas de nature à justifier légalement le refus de principe opposé par le directeur du centre hospitalier d'attribuer cette prime de service aux non titulaires.

Dans un arrêt en date du 12 décembre 2008, requête n° 300695, le Conseil d'Etat précise que le versement par un l'administration de son traitement à un agent en l'absence de service fait est une décision implicite créatrice de droit, bien que l'administration aurait eu l'obligation de refuser cet avantage, qui ne fait pas « (...) obstacle ni à la possibilité pour l'administration de demander à tout moment le reversement des sommes attribuées par suite d'une erreur dans la procédure de liquidation ou de paiement ou d'un retard dans l'exécution d'une décision de l'ordonnateur, ni à celle de supprimer pour l'avenir un avantage dont le maintien est subordonné à une condition dés lors que celle-ci n'est plus remplie (...). »